Công ty này hiện đang nằm trong danh sách đơn vị gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng phải xử lý triệt để theo qui định. Hiện hệ thống xử lý nước thải đặt sát nhà dân, không được che chắn gây ảnh hưởng khí thải, mùi hôi; bể xử lý nước bị rò rỉ thấm vào khu vực nhà dân lân cận. Ngoài ra, công ty còn mở rộng xưởng phun cát mà không có biện pháp xử lý gây ảnh hưởng tiếng ồn và bụi. Sở TN-MT đã giao thanh tra sở tiến hành xử phạt và yêu cầu cơ sở thực hiện các biện pháp giảm thiểu, xử lý ô nhiễm hoàn tất trước ngày 15-5-2007. Về lâu dài công ty cần có kế hoạch di dời đến địa điểm khác phù hợp qui hoạch. Riêng cơ sở phun cát, Sở TN-MT đề nghị UBND Q.9 kiểm tra tính pháp lý và có biện pháp xử lý. Trong trường hợp cơ sở không chấp hành, đề nghị quận đình chỉ hoạt động sản xuất, buộc di dời.

Báo Tuổi Trẻ ngày 15-4 có phản ánh tình hình ô nhiễm môi trường nước khu vực xung quanh KCN Lê Minh Xuân. Sở TN-MT xác nhận đúng như phản ánh của báo, hiện còn nhiều đơn vị trong KCN không thực hiện việc tách riêng hệ thống thoát nước mưa với nước thải để dẫn vào khu vực xử lý tập trung. Sở đã có đề nghị Ban Quản lý các khu chế xuất và khu công nghiệp chỉ đạo Công ty cổ phần Đầu tư xây dựng Bình Chánh và các đơn vị sản xuất kinh doanh nghiêm túc thực hiện hoàn tất việc xử lý trước ngày 15-5. Sau thời hạn này sẽ áp dụng các biện pháp xử lý kiên quyết, kể cả việc rút giấy phép đầu tư, ngưng hoạt động sản xuất đối với đơn vị vi phạm.