Đây là bản kết luận điều tra lần thứ 4 của Cơ quan điều tra Công an TP về vụ án này. Ba lần trước đó, Viện Kiểm sát nhân dân TP đã ra cáo trạng truy tố các bị can trước tòa sơ thẩm, phúc thẩm. Tại phiên tòa phúc thẩm gần đây nhất ngày 16-6-2012, hội đồng xét xử tuyên giao toàn bộ hồ sơ về cấp sơ thẩm để điều tra, xét xử lại từ đầu do có nhiều vấn đề chưa được làm rõ và vi phạm tố tụng ở cấp sơ thẩm. Tuy nhiên, tại bản kết luận điều tra bổ sung này, cơ quan điều tra tiếp tục giữ nguyên quan điểm đề nghị truy tố các bị can với các tội danh không thay đổi so với bản kết luận trước đó.

Theo đó, Nguyễn Văn Khỏe tiếp tục bị đề nghị truy tố về ba tội danh gồm: nhận hối lộ (1,4 tỉ đồng); lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ (nhận quà biếu 830 triệu đồng, tiền, quà trị giá 20.000 USD); lợi dụng ảnh hưởng đối với người có chức vụ, quyền hạn để trục lợi (nhận 5.000 USD và 50 triệu đồng). Nhóm cựu quan chức huyện Hóc Môn và UBND xã Đông Thạnh bị đề nghị truy tố về tội nhận hối lộ; lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.

Nhóm cán bộ của Agribank Chợ Lớn gồm Trần Văn Tuyến (nguyên giám đốc), Lưu Thị Minh Hiền (nguyên phó giám đốc) bị đề nghị truy tố về tội vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng. Cán bộ tín dụng Nguyễn Công Định bị đề nghị truy tố tội nhận hối lộ. Hai vợ chồng bị can Trần Thị Hà và Hà Văn Hòa bị đề nghị truy tố tội danh đưa hối lộ, lừa đảo chiếm đoạt tài sản.

Điểm đáng chú ý trong bản kết luận điều tra bổ sung lần này là cơ quan điều tra đã xác định Agribank Chợ Lớn có tham gia tố tụng trong vụ án. Agribank Chợ Lớn đã xác nhận có thiệt hại 3.000 lượng vàng SJC, 18 tỉ đồng và hơn 3 tỉ đồng tiền lãi, có đơn yêu cầu bà Trần Thị Hà (giám đốc Công ty Thành Phát) bồi thường số tiền này. Trước đó, tòa phúc thẩm đã cho rằng tòa sơ thẩm buộc các bị cáo Hà, Hòa phải liên đới bồi thường số tiền này cho Agribank Chợ Lớn là không có cơ sở, vì phía Agribank Chợ Lớn là nguyên đơn dân sự, không có yêu cầu bồi thường.