Công an cũng đình chỉ điều tra đối với các bị can: Trương Công Mỹ (nguyên phó giám đốc Sở Xây dựng), Lê Văn Me (nguyên phó giám đốc Công ty Công trình đô thị TP Cần Thơ), Bùi Thiện (nguyên trưởng ban quản lý dự án quận Ninh Kiều), Tăng Hoàng Chương (nguyên cán bộ Phòng QLĐT), Trần Ngọc Vĩnh (nguyên phó ban quản lý chợ Ninh Kiều), Trần Thúy Phượng (nguyên thủ quĩ Phòng QLĐT), Nguyễn Anh Kiệt (nguyên cán bộ Phòng QLĐT).

Trước đó, vào năm 2006, cơ quan chức năng phát hiện Phòng QLĐT Ninh Kiều (lúc đó là Phòng QLĐT TP Cần Thơ thuộc tỉnh Cần Thơ cũ) lập "quĩ đen" với tổng số tiền lên đến trên 7,2 tỉ đồng. Một phần của khoản tiền này đã được chia chác cho gần 100 cán bộ, công nhân viên của đơn vị. Trong vụ này cơ quan công an đã khởi tố 11 cán bộ với tội danh lập quĩ trái phép.

Giữa năm 2007, toàn bộ hồ sơ đã được cơ quan điều tra chuyển sang Viện KSND quận Ninh Kiều đề nghị truy tố các bị can. Đến ngày 19-7-2007, Viện KSND quận Ninh Kiều trả hồ sơ và cơ quan điều tra đã quyết định đình chỉ điều tra đối với các bị can: Tạ Chí Nhân (nguyên phó viện trưởng Viện Kiến trúc qui hoạch TP Cần Thơ), Trần Văn Tám (nguyên trưởng Phòng QLĐT), Phan Tùng Nguyên (nguyên phó Phòng QLĐT) và Nguyễn Minh Tuấn (nguyên cán bộ Phòng QLĐT) vì xét thấy hành vi của các bị can này không gây ảnh hưởng cho xã hội, đồng thời đã khắc phục hậu quả.

Sau khi kết luận điều tra bổ sung được chuyển lại cho Viện KSND quận Ninh Kiều, một số bị can (trong số bảy bị can còn lại) đã khiếu nại kết quả giám định tài chính, nên cơ quan điều tra Công an quận Ninh Kiều tiếp tục trưng cầu giám định bổ sung và hiện vẫn chưa nhận được kết quả, dù thời hạn điều tra đã hết. Theo qui định của pháp luật, sau khi có kết quả trưng cầu giám định bổ sung, nếu nội dung sai phạm của các bị can không thay đổi so với kết quả giám định trước đó, cơ quan điều tra sẽ phục hồi điều tra vụ án và bị can.