Theo quy chế, Sở Tài nguyên và Môi trường có vai trò tham mưu cho UBND TP.HCM kịp thời giải quyết khó khăn, vướng mắc trong việc thực hiện công tác quản lý môi trường trong các khu công nghiệp - khu chế xuất; chủ trì kiểm tra cấp phép xả thải vào nguồn nước, cấp phép khai thác nước dưới đất đối với các doanh nghiệp; ứng cứu và khắc phục sự cố môi trường trong khu công nghiệp - khu chế xuất.

Đồng thời, Sở chịu trách nhiệm trong việc cấp sổ chủ nguồn chất thải nguy hại, tiếp nhận báo cáo quản lý chất thải nguy hại của các doanh nghiệp theo quy định; phối hợp thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường các dự án đầu tư, kiểm tra đề án bảo vệ môi trường chi tiết trong các khu công nghiệp - khu chế xuất. Đối với nội dung xử lý vi phạm và giải quyết phản ánh, khiếu nại về môi trường, Sở Tài nguyên và Môi trường sẽ tiếp nhận và xử lý theo thẩm quyền đối với các vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường do Ban quản lý các khu công nghiệp, khu chế xuất TP.HCM chuyển đến và phúc đáp kết quả xử lý các hành vi vi phạm của doanh nghiệp.

Ban quản lý các khu công nghiệp, khu chế xuất TP.HCM có trách nhiệm chủ trì công tác quản lý môi trường của doanh nghiệp trong các khu công nghiệp - khu chế xuất và phối hợp với các cơ quan chức năng khi có yêu cầu; chủ trì việc tổ chức thẩm định, phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường; xác nhận kế hoạch bảo vệ môi trường của các dự án đầu tư, kiểm tra kết quả vận hành các công trình xử lý chất thải của các dự án đầu tư; xây dựng kế hoạch kiểm tra công tác bảo vệ môi trường hàng năm theo hướng dẫn của Sở Tài nguyên và Môi trường TP.HCM.

Ngoài ra, Ban quản lý các khu công nghiệp, khu chế xuất TP.HCM phải phối hợp kiểm tra cấp phép xả thải vào nguồn nước, cấp phép khai thác nước ngầm đối với các doanh nghiệp trong khu công nghiệp - khu chế xuất; tiếp nhận và chủ trì giải quyết phản ánh, khiếu nại về ô nhiễm môi trường đối với các doanh nghiệp hoạt động tại các khu công nghiệp - khu chế xuất.