Theo đó, công trình Cống kiểm soát triều Bến Nghé nằm trên rạch Bến Nghé. Đoạn rạch bắt đầu từ ngã ba sông Sài Gòn đến ngã ba Rạch Đôi, có chiều dài khoảng 3.100m. Dọc chiều dài kênh Bến Nghé được chia làm các đoạn: từ ngã ba sông Sài Gòn đến cầu Khánh Hội, từ cầu Khánh Hội đến cầu Mống, từ cầu Mống đến cầu Calmette, từ cầu Calmette đến cầu Ông Lãnh, từ cầu Ông Lãnh đến cầu Nguyễn Văn Cừ.

Rạch Bến Nghé có chiều rộng mặt nước khoảng 50-65m, hai bên bờ rạch đã được hoàn thiện kè kiên cố dạng mái nghiêng bằng đá xây, đỉnh kè là khuôn viên cây xanh. Cao độ đỉnh kè trung bình khoảng 2m. Mực nước triều cao nhất (tần suất 100 năm): 1,68m; mực nước triều thấp nhất: 2,5m; biên độ giữa chân triều và đỉnh triều: 3,5m đến 4m; cao độ đáy rạch Bến Nghé khoảng -4,6m; cao độ đỉnh kè hiện hữu trung bình khoảng 2m.

Tuyến rạch Bến Nghé là tuyến đường thủy nội địa địa phương cấp V. Hiện nay trên tuyến rạch Bến Nghé có ít tàu thuyền qua lại và chủ yếu là các loại tàu thuyền nhỏ. Hiện tại không có bến bãi giao thông thủy nào trong khu vực rạch Bến Nghé, giao thông thủy mang tính chất xuyên qua. Trong trường hợp rạch Bến Nghé bị hạn chế không thông suốt, có thể sử dụng Rạch Đôi, qua hướng cầu Tân Thuận để ra sông Sài Gòn.

Vị trí xây dựng cần thỏa mãn 4 tiêu chí sau: thực hiện tối đa mục tiêu ngăn triều; đảm bảo an toàn cho các công trình hạ tầng hiện hữu; không làm mất mỹ quan khu vực; giảm thiểu kinh phí xây dựng.

Dự kiến tổng mức đầu tư xây dựng khoảng 230 tỷ đồng, với các hạng mục gồm: kết cấu thủy công đập ngăn nước như trụ pin, cừ chống thấm, dầm đỡ van, gia cố bảo vệ lòng dẫn; kết cấu cửa van điều tiết nước và thiết bị điều khiển; kết cấu nối tiếp hai bờ; khu quản lý công trình; kết cấu kè bảo vệ phía hạ lưu công trình.

Nguyên tắc vận hành, cống sẽ hỗ trợ hệ thống tiêu thoát nước đô thị trong mùa mưa khi mực nước ngoài sông lên đến 0,6m thì đóng cửa van cống để tạo dung tích trữ đón nước mưa; khi mực nước ngoài sông rút xuống thấp hơn mực nước bên trong thì mở cửa van cống để tiêu nước, đảm bảo giao thông thủy qua lại bình thường.

Khi mực nước ngoài sông lên đến 1m thì đóng cửa van cống để ngăn triều; khi mực nước ngoài sông rút xuống dưới 1m thì mở cửa van cống để tiêu nước, đảm bảo giao thông thủy qua lại bình thường.