Theo quyết định 35 của UBND TP về bồi thường giải phóng mặt bằng, người dân có đất nông nghiệp bị thu hồi được bồi thường theo giá đất nông nghiệp thuần và hỗ trợ thêm 50% giá đất ở trung bình của khu vực. Tuy nhiên, theo phản ảnh của quận 8, Thủ Đức và huyện Củ Chi, số tiền bồi thường, hỗ trợ mà người dân nhận được theo quy định trên thấp hơn so với các quy định trước đó. Cụ thể, nghị định 22 về bồi thường giải phóng mặt bằng cho phép người dân hoán đổi đất ở theo tỉ lệ phần trăm có lợi hơn cho người dân.

Tại hội nghị, đại diện huyện Bình Chánh cũng cho biết giá đất nông nghiệp chuyển nhượng trên thị trường từ 1-2 triệu đồng/m², nhưng Nhà nước bồi thường chỉ 200.000-300.000 đồng/m². Vì vậy dù có chính sách hỗ trợ thêm nhưng số tiền người dân được nhận vẫn còn chênh lệch quá xa so với giá thị trường nên dân không đồng ý di dời.

Các quận huyện kiến nghị nên bồi thường đất nông nghiệp theo sát giá thị trường tại thời điểm bồi thường. Hoặc áp dụng cách tính: 300m² đất nông nghiệp đầu tiên bồi thường cho dân theo giá đất ở trừ đi tiền sử dụng đất mà người dân phải nộp khi chuyển mục đích sử dụng đất, phần đất còn lại hỗ trợ bằng 40% giá bồi thường đất ở.

Trong công tác bồi thường, sự không công bằng còn thể hiện ở chỗ giá đất bồi thường trong các dự án kinh doanh cao hơn nhiều so với dự án công ích. Ngoài ra, các quận cho rằng thủ tục thẩm định, phê duyệt, triển khai phương án bồi thường kéo dài nên giá đất theo phương án bồi thường lạc hậu so với giá thị trường khiến người dân không đồng ý. Một số trường hợp phải làm thủ tục thẩm định giá lại khiến dự án bị chậm trễ. Q.4 đề nghị TP chấp thuận cho các hộ dân có đất bị thu hồi được thuê đơn vị tư vấn để thẩm định giá đất, các cơ quan chức năng sẽ tổ chức nghiệm thu và phê duyệt theo quy trình.