Chủ trương chung của TP.HCM hiện nay là không khai thác khoáng sản trên địa bàn thành phố, vì vậy công tác quản lý nhà nước về khoáng sản tập trung vào việc thanh kiểm tra, bảo vệ khoáng sản chưa khai thác; kiểm tra, giám sát việc thực hiện các dự án nạo vét có kết hợp tận thu khoáng sản trên địa bàn thành phố.

Từ thực tế kiểm tra, đấu tranh ngăn chặn hoạt động khai thác cát trái phép trên địa bàn thành phố cho thấy các vi phạm chủ yếu tập trung ở khu vực giáp ranh giữa hai tỉnh, thành phố. Một trong số các nguyên nhân là hiện nay quy định chỉ tịch thu phương tiện đối với hành vi khai thác khoáng sản không phép với quy mô từ 50m³ trở lên và không có quy định xử phạt đối với hành vi vận chuyển khoáng sản trái phép, không phép dẫn đến hạn chế tính răn đe đối với các hành vi khai thác khoáng sản trái phép.

TP.HCM kiến nghị Bộ tài nguyên và Môi trường đề xuất, trình Chính phủ bổ sung quy định theo hướng tăng mức xử đối với các hành vi khai thác khoáng sản trái phép. Đồng thời quy định hình thức xử phạt bổ sung "tịch thu phương tiện vi phạm đối với hành vi khai thác khoáng sản trái phép từ 10m³ trở lên".

TP cũng kiến nghị Bộ Giao thông vận tải chỉ đạo Cục Hàng hải Việt Nam tăng cường giám sát việc thực hiện các dự án xã hội hóa nạo vét các tuyến luồng theo hình thức tận thu bù chi phí, không sử dụng ngân sách Nhà nước.