Theo cáo trạng, từ năm 2001-2007, bị cáo Trưởng đã tự ý điều chỉnh phân lô đối với dự án khu dân cư hơn 20ha tại xã Bà Điểm (tăng lên 30 lô so với dự án phê duyệt) để chuyển nhượng đất, đồng thời xây dựng công trình trên ba khu đất của dự án được duyệt là đất công cộng, đất dự trữ... Ngoài ra, bị cáo còn cho phân lô, chuyển nhượng nhiều nền đất trên bốn khu đất nông nghiệp (tổng diện tích hơn 56ha) khi chưa có quyết định giao đất, chưa chuyển mục đích sử dụng đất và chưa được phê duyệt quy hoạch chi tiết.

Từ các hợp đồng chuyển nhượng đất của công ty, nhiều cá nhân, tổ chức nhận chuyển nhượng đất đã tự ý xây dựng công trình, nhà xưởng trái phép, gây mất an ninh trật tự, khiếu kiện kéo dài, tạo dư luận xấu về việc thực hiện dự án tại địa phương. UBND huyện Hóc Môn đã phải chi ngân sách hơn 568 triệu đồng để tổ chức cưỡng chế, tháo dỡ một số công trình trái phép.

Những sai phạm trong thực hiện dự án trên cũng chính là nội dung mà ông Đặng Xuân Sỹ (nguyên phó giám đốc Công ty Hoàng Hải, là người từng hợp tác làm ăn nhiều năm với Trưởng) gửi đơn tố cáo với cơ quan chức năng. Từ đó, Ngô Quang Trưởng đã nhờ Vũ Văn Luân (tức Luân “con”, giang hồ gốc Hải Phòng) tổ chức cho đàn em hăm dọa, dằn mặt ông Sỹ nhiều lần. Khi ông Sỹ vẫn tiếp tục gửi đơn tố cáo thì bị đàn em của Luân chém chết vào trưa 15-9-2009.

Trong vụ giết người này, bị cáo Trưởng bị Tòa phúc thẩm TAND tối cao tại TP.HCM tuyên án tù chung thân (Vũ Văn Luân bị xử tử hình), nhưng sau đó bản án bị cấp giám đốc thẩm tuyên hủy để xử lại theo hướng phải tăng hình phạt của bị cáo Trưởng lên mức tử hình.