Hai bị cáo bị đưa ra xét xử trong vụ án này là Nguyễn Mạnh Hà (37 tuổi, ở P.Liễu Giai, Q.Ba Đình, Hà Nội, nguyên thanh tra viên công tác tại Cục 2 Thanh tra Chính phủ) và Trần Anh Hùng (56 tuổi, ở P.Tân Lập, TP Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa, nguyên giám đốc Công ty Dịch vụ thương mại hàng hải Tam Đảo).

Theo cáo trạng, ngày 18-6-2010, Tổng Thanh tra Chính phủ ban hành quyết định thành lập đoàn thanh tra để kiểm tra, xác minh nội dung tố cáo, khiếu nại của công dân đối với dự án Khu đô thị mới Phước Long (TP Nha Trang).

Sau khi kết thúc thanh tra thực tế tại địa phương, đoàn thanh tra về lại Hà Nội chuẩn bị bản thảo Báo cáo kết luận thanh tra để trình lãnh đạo Thanh tra Chính phủ theo quy chế.

Bản thảo báo cáo kết luận thanh tra trên được phôtô thành tám bộ để phục vụ cho cuộc họp của đoàn thanh tra báo cáo lãnh đạo Thanh tra Chính phủ vào chiều 6-10-2010. Tuy nhiên, do cuộc họp bị hoãn vì không đủ thành phần, các thành viên tự bảo quản tài liệu.

Theo quy định của Tổng Thanh tra Chính phủ thì bản dự thảo báo cáo thanh tra nêu trên thuộc tài liệu mật.

Do có quen biết từ trước với Nguyễn Mạnh Hà nên Trần Anh Hùng nhiều lần điện thoại nhờ Hà lấy bản thảo báo cáo thanh tra dự án Khu đô thị mới Phước Long, dù Hà không phải là thành viên của đoàn thanh tra.

Vào cuối tháng 10-2010, Nguyễn Mạnh Hà lấy được bản thảo báo cáo kết luận thanh tra nêu trên tại bàn làm việc của Đỗ Thành Luân, là thành viên đoàn thanh tra, rồi đem phôtô. Ngày 28-10-2010, Hà đem bản phôtô bản thảo báo cáo này gởi vào Nha Trang cho Trần Anh Hùng theo đường bưu điện.

Sau khi nhận được bản thảo nêu trên, Trần Anh Hùng đã đưa cho nhiều người xem, trong đó có một số người đã phôtô lại rồi chuyền nhau. Nhiều người đã lấy nội dung của bản thảo báo cáo kết luận thanh tra làm đơn tố cáo, vu khống nhiều cán bộ lãnh đạo của tỉnh Khánh Hòa và TP Nha Trang.

Tháng 6-2012, hai bị can Trần Anh Hùng và Nguyễn Mạnh Hà bị Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Khánh Hòa khởi tố, bắt tạm giam. Hai ông bị truy tố ra tòa và đối mặt với khung hình phạt từ 5 năm đến 10 năm tù.

Cơ quan điều tra xác định bản thảo báo cáo thanh tra bị Nguyễn Mạnh Hà lấy cắp đi phôtô là tài liệu thuộc quản lý của ông Phạm Hùng, thanh tra viên phòng 2, Cục 2 Thanh tra Chính phủ, cũng là thành viên của đoàn thanh tra. Cáo trạng cho rằng ông Hùng có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự với hành vi làm mất tài liệu mật.

Tuy nhiên, xét thấy ông Hùng có nhân thân tốt, trong quá trình bị điều tra đã thành khẩn khai báo, tích cực hợp tác với Cơ quan An ninh điều tra, đã bị Thanh tra Chính phủ kỷ luật về Đảng và chính quyền với hình thức khiển trách, nên không cần thiết phải xử lý hình sự.

Với những người được bị cáo Trần Anh Hùng đưa xem bản thảo báo cáo kết luận thanh tra, Cơ quan An ninh điều tra Công an Khánh Hòa xét thấy chỉ cần xử lý kỷ luật là đủ nên không xử lý hình sự.