Tổng diện tích tự nhiên của Vườn quốc gia Du Già là 15.006,3 ha thuộc địa bàn 3 xã của 3 huyện, tỉnh Hà Giang là: xã Tùng Bá, huyện Vị Xuyên; xã Minh Sơn, huyện  Bắc Mê; xã Du Già, huyện Yên Minh.

Vườn quốc gia Du Già có nhiệm vụ bảo vệ các hệ sinh thái rừng kín thường xanh mưa ẩm nhiệt đới núi đá vôi và các loài thực vật, động vật hoang dã nguy cấp, quý, hiếm, bao gồm: thông đỏ bắc, trai lý, sưa bắc, Voọc mũi hếch và sơn dương nâu.

Đồng thời duy trì chức năng phòng hộ đầu nguồn của lưu vực sông Gâm và hệ thống suối trong khu vực của hồ thủy điện Tuyên Quang, góp phần ổn định sản xuất nông nghiệp, công nghiệp trong khu vực; xây dựng và phát triển cơ sở hạ tầng, tạo điều kiện cho việc nghiên cứu và phục vụ nghiên cứu bảo tồn khu hệ động vật rừng, thực vật rừng và các hệ sinh thái điển hình của vườn.

Bên cạnh đó khai thác thế mạnh cảnh quan thiên nhiên, công viên địa chất toàn cầu cao nguyên đá Đồng Văn để phát triển du lịch sinh thái, giáo dục nâng cao nhận thức bảo tồn và bảo vệ môi trường; tạo việc làm và khuyến khích người dân địa phương tham gia hoạt động dịch vụ du lịch, cải thiện đời sống, góp phần phát triển kinh tế - xã hội của địa phương.

Vườn quốc gia Du Già có 3 phân khu chức năng gồm phân khu bảo vệ nghiêm ngặt, phân khu phục hồi sinh thái và phân khu dịch vụ - hành chính.

Vùng đệm Vườn quốc gia có diện tích 8.850 ha trên địa bàn 33 thôn, 6 xã (thuộc 4 huyện của tỉnh Hà Giang) giáp ranh Vườn quốc gia, bao gồm: Du Già, Đường Thượng (huyện Yên Minh); xã Minh Sơn và Yên Định (huyện Bắc Mê); xã Tùng Bá (huyện Vị Xuyên); xã Thái An (huyện Quản Bạ).

Thủ tướng Chính phủ giao UBND tỉnh Hà Giang trực tiếp quản lý Vườn quốc gia Du Già - Cao nguyên đá Đồng Văn; chỉ đạo việc lập dự án đầu tư xây dựng và phát triển Vườn quốc gia Du Già - Cao nguyên đá Đồng Văn, dự án đầu tư xây dựng và phát triển vùng đệm Vườn quốc gia Du Già - Cao nguyên đá Đồng Văn và các dự án đầu tư, phát triển khác có liên quan, trình cấp có thẩm quyền thẩm định, phê duyệt và tổ chức thực hiện theo quy định hiện hành.