Đại học Việt Nhật có trụ sở chính tại Hòa Lạc, huyện Thạch Thất (Hà Nội), được xây dựng trên tổng diện tích 75 ha với tổng vốn đầu tư hơn 365 triệu USD. Trong đó vốn ODA Nhật Bản 200 triệu USD, viện trợ không hoàn lại của chính phủ Nhật Bản 13,39 triệu USD, nguồn vốn đối ứng chính phủ Việt Nam 52 triệu USD và nguồn vốn hợp tác tài trợ của các doanh nghiệp Nhật Bản 100 triệu USD.

Trường dự kiến đào tạo các chuyên ngành khoa học y tế toàn cầu, khoa học sinh học nông nghiệp, công nghiệp hóa sinh, kỹ thuật sinh học quốc tế, khoa học năng lượng quốc tế, công nghệ thông tin, cơ sở hạ tầng và xây dựng, biến đổi khí hậu, kỹ thuật ứng phó với thảm họa thiên nhiên, khủng bố, khoa học và công nghiệp tri thức, công nghiệp kỹ thuật ô tô, công nghiệp vật liệu, thông tin, công nghệ và xã hội châu Á, nghiên cứu đô thị và môi trường, khoa học bền vững và lãnh đạo toàn cầu, chính sách công, luật so sánh và khoa học chính trị, khoa học xã hội Nhật Bản và châu Á đương đại, quản trị hậu cần và chuỗi cung ứng, quản trị sản xuất - quản trị tinh gọn.

Ngoài ra trường còn có các chương trình đào tạo ngôn ngữ và văn hóa Nhật Bản.

Theo kế hoạch năm 2016, Trường đại học Việt Nhật bắt đầu mở đào tạo thạc sĩ với quy mô tuyển sinh 70 học viên. Năm 2018 mở hệ đào tạo đại học với quy mô 590 học viên, sinh viên (150 đại học và 440 thạc sĩ). Năm 2019 mở hệ đào tạo tiến sĩ với quy mô 1170 học viên, sinh viên, nghiên cứu sinh. Đến năm 2025 đạt quy mô ổn định là 6.000 học viên, sinh viên, nghiên cứu sinh (3.760 sinh viên đại học, 1.800 thạc sĩ; 440 nghiên cứu sinh)

Trường sẽ đảm bảo tỷ lệ trung bình 12 người học 1 giảng viên và giảng viên trình độ tiến sĩ trên 80%.