Các bị can Đỗ Quốc Khánh (nguyên chủ tịch HĐQT kiêm tổng giám đốc công ty Falcon), Bùi Văn Viện (nguyên phó tổng giám đốc kiêm trưởng phòng Tài chính - kế toán công ty Falcon) và Phạm Văn Đoàn (giám đốc công ty TNHH Hợp Thủy, Hải Phòng) bị truy tố về tội “lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ; Phạm Mạnh Hùng (nguyên giám đốc Xí nghiệp sửa chữa tàu biển Việt Nam, nay là Công ty cổ phần đóng mới và sửa chữa tàu biển Việt Nam thuộc công ty Falcon) bị truy tố về tội “thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” và Nguyễn Thế Ngọc (nguyên Kế toán trưởng Xí nghiệp sửa chữa tàu biển Việt Nam) bị truy tố về tội “tham ô tài sản”, “lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.

Theo cáo trạng, năm 2007, Công ty Falcon chủ trương đầu tư mua tàu hàng khô có tên hiệu Glory Qingdao (sau đổi thành Lively Falcon) với tổng mức đầu tư 5,7 triệu USD, xác định phải vay vốn ngân hàng 4,42 triệu USD. Sau đó, Khánh đã thay mặt Công ty Falcon ký hợp đồng vay của Ngân hàng TMCP Hàng Hải Việt Nam - Chi nhánh Nam Sài Gòn 3,9 triệu USD để mua tàu; sau đó vay tiếp 548.000 USD để sửa chữa con tàu này.

Viện đề xuất với Khánh lập hợp đồng dịch vụ tư vấn khống giữa Công ty Falcon và Công ty TNHH Hợp Thủy trong việc vay tiền này, mức phí 0,3% để làm chứng từ thanh toán rút tiền của Công ty Falcon, hoàn ứng cho các khoản tạm chi trước đó. Tuy nhiên, kết quả xác minh thì không có việc hoàn ứng của Viện.

Viện KSND tối cao xác định thông qua hợp đồng này, các bị can đã rút ra hơn 1,5 tỉ đồng. Trong đó, Viện hưởng lợi gần 1,3 tỉ đồng, Đoàn hưởng lợi hơn 68 triệu đồng, còn lại là tiền thuế GTGT.

Đối với Nguyễn Thế Ngọc, Viện KSND tối cao cáo buộc bị can đã lợi dụng chức trách, nhiệm vụ được giao trong việc trực tiếp mua, bán vật tư và thanh toán trong việc sửa chữa tàu biển giữa Công ty Falcon và Xí nghiệp sửa chữa tàu biển Việt Nam để quyết toán khống vật tư. Theo đó, bị can đã mua 3 hóa đơn GTGT ghi giá gần 705 triệu đồng để thanh toán, chiếm đoạt hơn 671 triệu đồng.

Ngoài ra, bị can Ngọc còn nhận 1,6 tỉ đồng từ công ty Falcon nhưng không nhập vào quỹ tiền mặt của Xí nghiệp mà lập 2 phiếu chi khống nhằm hợp pháp hoá số tiền tạm ứng. Cá nhân bị can đã sử dụng 300 triệu đồng, sau đó hoàn ứng gần 283,5 triệu đồng.

Trong quá trình thanh toán 3 hoá đơn GTGT khống này, bị can Hùng thiếu kiểm tra, kiểm soát chứng từ nên đã ký vào mục “người mua hàng” vào các hóa đơn sau ngày nghiệm thu khối lượng thi công, tạo sơ hở cho Ngọc tham ô tài sản của Nhà nước nên bị cáo buộc phạm vào tội “thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.