Trong đó, sông Sài Gòn nguồn nước đã được kiểm soát, chất lượng được cải thiện do ít bị tác động của nước thải công nghiệp, còn sông Vàm Cỏ Đông là mục tiêu nỗ lực của tỉnh trong việc hạn chế dần các yếu tố gây ô nhiễm để trả lại nguồn nước trong sạch cho con sông này vào năm 2020.

Sông Vàm Cỏ Đông (nằm ở phía Tây Nam của tỉnh Tây Ninh) có chiều dài khoảng 270km, bắt nguồn từ tỉnh Kom Pong Chàm (Campuchia) ở độ cao 150m, chảy qua địa phận Tây Ninh 151km thuộc địa bàn của 6 huyện: Tân Biên, Châu Thành, Hòa Thành, Gò Dầu, Bến Cầu và Trảng Bàng với tổng dân số gần 740.000 người, chiếm 2/3 tổng dân số của tỉnh.

Ngoài việc cấp nước cho sản xuất nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản, giao thông đường thủy, sông Vàm Cỏ Đông còn bị tác động tiêu cực từ các hoạt động khai thác khoáng sản (cát), nước thải từ các khu công nghiệp, nhà máy, bệnh viện, đô thị… với tổng lưu lượng nước thải hàng trăm ngàn m3/ngày đêm đổ xuống con sông này, làm chất lượng nguồn nước xấu đi rõ rệt.

Để nguồn nước sông Vàm Cỏ Đông đạt tiêu chuẩn loại A, UBND tỉnh Tây Ninh đã ban hành kế hoạch và tổ chức triển khai thực hiện đề án "Bảo vệ môi trường lưu vực hệ thống sông Đồng Nai trên địa bàn tỉnh đến năm 2020" với mục tiêu từng bước xử lý, ngăn ngừa mức độ gia tăng ô nhiễm nguồn nước sông Vàm Cỏ Đông.

Giai đoạn từ năm 2011 đến 2013, tỉnh đã xử lý triệt để (đóng cửa, di dời) 5 nhà máy, 5 cụm chế biến khoai mì và một cụm sản xuất gạch thủ công gây ô nhiễm có tác động trực tiếp đến sông Vàm Cỏ Đông. 

Đầu năm 2014, đối với các khu công nghiệp, khu chế xuất, nhà máy, bệnh viện… đang hoạt động có nước thải xả vào lưu vực sông Vàm Cỏ Đông, tỉnh quy định phải xử lý đạt cột A theo quy chất kỹ thuật quốc gia về môi trường, chậm nhất đến ngày 30/6/2014 phải thực hiện xong mới được phép hoạt động.

Tỉnh cũng đầu tư 117 tỷ đồng thực hiện công trình xử lý chất thải, nước thải y tế cho 9 trung tâm y tế huyện, bệnh viện viện đa khoa tỉnh. Đến cuối tháng 8/2014 đã có 5 trung tâm y tế cấp huyện, thành phố đã xây dựng xong hệ thống xử lý nước thải, chất thải đưa vào hoạt động.

Đến nay, Tây Ninh đã có 100% khu công nghiệp, khu chế xuất, các nhà máy chế biến mía đường và trên 50% nhà máy chế biến khoai mì, chế biến cao su đã xử lý nước thải đạt cột A. Các nhà máy còn lại, trước mắt tỉnh tạm thời đình chỉ hoạt động, khi nào xây dựng xong hệ thống xử lý nước thải (đạt tiêu chuẩn loại A) sẽ được hoạt động trở lại.

Tây Ninh cũng thường xuyên tổ chức thanh tra, kiểm tra, phạt nặng đối với cơ sở sản xuất lén lút xả nước thải chưa xử lý ra môi trường.

Tồn tại lớn nhất hiện nay gây ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng nguồn nước của sông Vàm Cỏ Đông là chưa xử lý nguồn nước thải sinh hoạt của các khu dân cư đô thị khu vực ven sông như: thành phố Tây Ninh, các thị trấn Hòa Thành (huyện Hòa Thành), Gò Dầu (huyện Gò Dầu), Dương Minh Châu (huyện Dương Minh Châu)...

Hầu hết các nguồn nước này hiện nay được thu gom vào mương, rạch thông qua hệ thống cống, rãnh, sau đó chảy ra sông Vàm Cỏ Đông. Trong thời gian tới, tỉnh có kế hoạch triển khai 2 dự án đầu tư xây dựng mạng lưới thu gom và hệ thống xử lý nước thải tập trung của thành phố Tây Ninh và huyện Dương Minh Châu đạt chất lượng nước thải loại A sau khi thải ra sông suối, góp phần cải thiện triệt để chất lượng sông Vàm Cỏ Đông, nhằm từng bước cải thiện chất lượng nước của hệ thống lưu vực sông Đồng Nai đạt tiêu chuẩn loại A để phục vụ mục đích cấp nước sinh hoạt theo đề án của Thủ tướng Chính phủ.