Để xác định đúng nguyên nhân khiến bé quấy khóc cần phải theo dõi và thăm khám kỹ lưỡng, ngoài ra có thể dựa vào hỗ trợ của các xét nghiệm hoặc phương tiện chẩn đoán hình ảnh (như siêu âm, X-quang). Những nguyên nhân đau bụng thường gặp ở trẻ:

* Dị ứng sữa công thức (sữa bò, dê...).

* Rối loạn tiêu hóa: do bú mẹ mà người mẹ dung nạp thức ăn uống quá nhiều chất ngọt, béo, hải sản, thịt, cá ướp hóa chất... Hoặc có thể do bé bú quá nhanh, chưa kịp hấp thu và tiêu hóa gây đầy hơi. Nếu bé ăn giặm, không nên đùa giỡn khi đang ăn để tránh nuốt khí gây đầy bụng.

* Táo bón: bé được xem là táo bón khi hơn ba ngày bé mới đi tiêu một lần và/hoặc phân cứng (như viên bi), khi đi bé phải ngồi lâu... Xử trí bằng cách tăng cường bú sữa mẹ, chọn lựa sữa chứa nhiều chất xơ hơn nếu có bú kèm sữa công thức. Nếu bé đang ăn giặm, cần bổ sung nhiều rau quả, uống thêm nước ép trái cây...

* Tiêu chảy do nhiễm trùng đường ruột: có thể kèm sốt hoặc không, phân lỏng dính nhầy hoặc máu tươi.

* Viêm họng, viêm tiểu phế quản, viêm thanh - khí phế quản, viêm phổi: có thể gây đau bụng, do ho.

* Lồng ruột: thường gặp ở trẻ từ 5-24 tháng tuổi bé thường khóc thét liên tục, có thể kèm đi phân máu.

* Tắc ruột, xoắn ruột, loét dạ dày - tá tràng hoặc ruột non.

* Đau bụng không rõ cơ chế và nguyên nhân: thường gặp từ 2 tuần tuổi - 4 tháng tuổi (dân gian gọi là khóc dạ đề), tự khỏi sau bốn tháng tuổi.

* Quai bị: cũng có thể gây đau bụng.

* Nhiễm ký sinh trùng đường ruột.

Một số nguyên nhân khác có thể gây đau bụng như thiếu máu hồng cầu hình liềm, nhiễm độc chì, Henoch-Scholein (viêm khớp, mảng bầm tím trên da), viêm gan, bệnh thận. Do vậy nếu bé quấy khóc, nhất là khóc thét liên tục, không rõ nguyên nhân, cần đưa bé đến ngay cơ sở y tế chuyên khoa nhi để chẩn đoán, điều trị kịp thời.