Sai phạm tại các cơ sở hành nghề y dược tư nhân khá đa dạng, như: Một nha sĩ đăng ký hành nghề tại một địa chỉ và giao cho người khác thực hiện, còn bản thân thực hiện khám chữa răng ở địa chỉ khác. Rất nhiều phòng nha người đứng tên đăng ký quản lý không có mặt, còn người trực tiếp thực hiện thường là các bác sĩ mới ra trường chưa đủ điều kiện hành nghề tư nhân. Có phòng mạch sản khoa đăng ký hành nghề là một bác sĩ nữ nhưng thực hiện khám chữa bệnh lại là một bác sĩ nam. Các bác sĩ vẫn vừa khám bệnh kê toa vừa bán thuốc. Nhiều phòng mạch người đứng tên xin phép và người trực tiếp khám chữa bệnh hoàn toàn khác nhau. Có cơ sở chỉ được phép làm các xét nghiệm sinh hóa nhưng lại quảng cáo là làm cả xét nghiệm tế bào ung thư, xét nghiệm bệnh AIDS... Phổ biến nhất vẫn là các cơ sở hoạt động với giấy phép đã hết hạn.

Còn các nhà thuốc cùng có chung một vi phạm là người đăng ký giấy phép không khi nào có mặt tại cửa hàng. Người bán thuốc thường là một người khác, thậm chí có người bán thuốc chỉ xuất trình được một tờ giấy "Huấn luyện nhân viên bán thuốc", mà nơi cấp Sở Y tế cũng không biết ở đâu...

Chánh thanh tra Sở Y tế Nguyễn Đức An cho rằng, các cơ sở hành nghề y dược tư nhân hoạt động với giấy phép quá hạn sử dụng có một phần trách nhiệm của các trung tâm y tế quận, huyện. Cán bộ phụ trách đã không nhắc nhở đốc thúc họ gia hạn hay đổi giấy phép khi đã hết hạn.