Trong Thông tư, Bộ Tài chính quy định cụ thể mức thu phí cho từng loại xe tùy theo tải trọng.

Cụ thể, mức thu đối với xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn và các loại xe buýt vận tải khách công cộng là 35.000 đồng/vé/lượt; xe từ 12 ghế ngồi đến 30 ghế ngồi, xe tải có tải trọng từ 2 tấn đến dưới 4 tấn là 50.000 đồng/vé/lượt; xe từ 31 ghế ngồi trở lên, xe tải có tải trọng từ 4 tấn đến dưới 10 tấn là 75.000 đồng/vé/lượt; xe tải có tải trọng từ 10 tấn đến dưới 18 tấn và xe chở hàng bằng container 20 feet là 120.000 đồng/vé/lượt; xe tải có tải trọng từ 18 tấn trở lên và xe chở hàng bằng container 40 feet là 180.000 đồng/vé/lượt.

Tải trọng của các loại phương tiện trên là tải trọng theo thiết kế (trọng tải hàng hóa), căn cứ vào Giấy chứng nhận đăng ký xe do cơ quan có thẩm quyền cấp.

Đối với việc áp dụng mức thu phí đối với xe chở hàng bằng container (bao gồm cả đầu kéo moóc chuyên dùng) áp dụng mức thu theo trọng lượng toàn bộ của xe, không phân biệt có chở hàng hay không chở hàng.

Tổng số tiền thu phí hàng năm của trạm thu phí này sau khi trừ các khoản thuế theo quy định được xác định là khoản tiền hoàn vốn theo phương án tài chính của Hợp đồng BOT dự án đầu tư xây dựng cầu Việt Trì mới, tỉnh Phú Thọ.

Đơn vị được Bộ Giao thông vận tải giao nhiệm vụ tổ chức thu phí sử dụng đường bộ trạm thu phí cầu Việt Trì mới, tỉnh Phú Thọ có trách nhiệm tổ chức các điểm bán vé tại trạm thu phí thuận tiện cho người điều khiển phương tiện giao thông, tránh ùn tắc giao thông, bán kịp thời đầy đủ các loại vé theo yêu cầu của người mua, không hạn chế thời gian bán vé tháng, vé quý; thực hiện đăng ký, kê khai, thu, nộp, sử dụng chứng từ thu, công khai chế độ thu phí sử dụng đường bộ theo quy định; báo cáo kết quả thu phí định kỳ tháng, quý, năm theo quy định của Tổng cục Đường bộ Việt Nam và Bộ Giao thông vận tải.

Thông tư này có hiệu lực từ 10-7-2015. Thời gian bắt đầu thu phí theo mức phí tại Thông tư này kể từ khi Dự án được Bộ Giao thông vận tải cho phép và đã thực hiện nghiệm thu hoàn thành, đưa vào sử dụng và được Bộ Giao thông vận tải ban hành Quyết định cho phép thu phí.