Trở thành thủ tướng tháng 9-1997, Thủ tướng Phan Văn Khải rất coi trọng việc tham khảo ý kiến các chuyên gia, đã cải tổ và phát triển Tổ nghiên cứu của Thủ tướng Võ Văn Kiệt thành Ban nghiên cứu của thủ tướng.

Anh Sáu Khải luôn tham khảo ý kiến của Ban nghiên cứu trước khi ký quyết định những vấn đề quan trọng như các nghị định của Chính phủ, quyết định về những vấn đề kinh tế - xã hội lớn sau khi được Văn phòng Chính phủ ký trình lên thủ tướng hay được các phó thủ tướng chuyển sang đề nghị thủ tướng ký ban hành.

Ban nghiên cứu có bữa ăn trưa thứ sáu hằng tuần họp các thành viên có mặt ở Hà Nội để nghe trưởng ban thông báo tình hình công việc và thảo luận, đôi khi anh Sáu cũng đến trực tiếp nghe và trao đổi thẳng thắn với anh em trong ban. 

Anh Sáu luôn trao đổi rất chân tình, thẳng thắn về các vấn đề anh em nêu lên, dẫu đồng ý hay không đồng ý. 

Sự sáng suốt và chân thành của Thủ tướng Phan Văn Khải thể hiện rõ nhất khi chấp nhận những ý kiến phản biện và can ngăn của các chuyên gia. Đồng thời sẵn sàng "chịu trận" về những ý kiến cải cách của mình. 

Ví dụ, sau khi nghe anh em báo cáo về thời lượng quá lớn của một số môn học ít có tác dụng vận dụng vào thực tế, anh thẳng thắn phát biểu ý kiến, đề nghị giảm đáng kể thời lượng của những môn học này và bị một số người phản đối, phê phán kịch liệt. 

Anh Sáu vẫn bảo lưu ý kiến của mình nhưng chưa thực hiện được ý tưởng đúng đắn đó.

Trong nhiệm kỳ của Thủ tướng Phan Văn Khải, nền kinh tế đã vượt qua được cuộc khủng hoảng tài chính châu Á năm 1997, nền kinh tế nước ta vẫn duy trì được tăng trưởng kinh tế ổn định, bội chi ngân sách và nợ công được kiểm soát, lạm phát ở mức thấp, cải cách và hội nhập được thúc đẩy mạnh mẽ.

Anh Sáu Khải là thủ tướng thúc đẩy mạnh mẽ công cuộc cải cách trong nước và hội nhập quốc tế. 

Thủ tướng Phan Văn Khải đã sẵn sàng ký Hiệp định thương mại song phương VN - Hoa Kỳ cùng với tổng thống Bill Clinton tại Hội nghị thượng đỉnh APEC tại Auckland năm 2000 và cũng là thủ tướng đầu tiên của VN chính thức thăm Hoa Kỳ năm 2006, mở ra một chương mới trong mối quan hệ, hợp tác nhiều mặt giữa hai nước.

Mặc dù ủng hộ hội nhập, Thủ tướng Phan Văn Khải rất thận trọng khi quyết định đầu tư nước ngoài. 

Khi nhà đầu tư nước ngoài đề nghị cho phép họ nâng cấp quốc lộ 1 theo cơ chế BOT để họ thu phí, Thủ tướng Phan Văn Khải đã cương quyết bác bỏ và nói dự án đường BOT phải làm trên con đường mới để người dân có quyền lựa chọn, việc nâng cấp quốc lộ 1 chúng tôi sẽ tự làm với sự giúp đỡ của các tổ chức quốc tế. 

Triết lý đó của anh Sáu Khải càng đúng với hiện nay khi BOT gây ra tranh chấp phức tạp và bị người dân ở nhiều nơi không đồng tình.

Thủ tướng Phan Văn Khải cũng đã đứng mũi chịu sào khi bảo vệ dự thảo Luật doanh nghiệp năm 1999 trước Bộ Chính trị và Quốc hội và trực tiếp chỉ đạo quá trình tổ chức thực hiện luật có nhiều cải cách đột phá này. 

Ông đã thành lập tổ công tác trực thuộc thủ tướng bao gồm đại diện các bộ, ban ngành, các chuyên gia để thúc đẩy việc thực hiện quyền tự do kinh doanh của người dân trên những lĩnh vực mà luật pháp không cấm. 

Lần đầu tiên trong lịch sử kinh tế nước ta, Thủ tướng Phan Văn Khải ký bãi bỏ 268 giấy phép con của các bộ, loại bỏ gần một nửa tổng số giấy phép con tồn tại vào thời điểm đó. Nhờ đó doanh nghiệp tư nhân đã phát triển mạnh mẽ, đóng góp vào tăng trưởng kinh tế, tạo việc làm cho người lao động.

Thủ tướng Phan Văn Khải đã bàn giao một nền kinh tế ổn định, hội nhập và nhiều dự án cải cách. 

Chúng ta biết ơn và đánh giá cao những cống hiến quý báu của Thủ tướng Phan Văn Khải.