Về phản ứng sau khi tiêm vắc-xin trong chương trình tiêm chủng mở rộng, Bộ y tế khẳng định phản ứng sau tiêm chủng đối với bất kỳ loại vắcxin nào là tình trạng bất thường về sức khỏe xảy ra sau tiêm chủng bao gồm các phản ứng từ nhẹ đến nặng và có thể gây tử vong với cá nhân có cơ địa mẫn cảm.

Nguyên nhân của phản ứng sau tiêm chủng có thể do trùng hợp ngẫu nhiên với bệnh lý sẵn có của trẻ, do đặc tính cố hữu của vắc xin, do sai sót trong thực hành tiêm (bảo quản vắc xin hoặc tiêm không đúng), do cơ địa, do các nguyên nhân khác hoặc không xác định được nguyên nhân.

Tại Việt Nam, tỷ lệ phản ứng nặng sau tiêm chủng từ trước đến nay không cao hơn so với thống kê của Tổ chức Y tế thế giới (WHO). Từ đầu năm 2013 đến nay có 11 trường hợp tử vong sau tiêm chủng thì cả 5 trường hợp này, theo đánh giá của Hội đồng và chuyên gia WHO, đều không liên quan đến tiêm chủng. Hai trường hợp tử vong sau tiêm vắc-xin viêm gan B và 1 trường hợp tử vong sau tiêm BCG (phòng lao) cũng không liên quan đến tiêm chủng.

Bộ Y tế cũng cho biết đến nay đã có 62/63 tỉnh, thành xây dựng kế hoạch triển khai công tác tăng cường an toàn tiêm chủng. Đến tháng 9-2013 đã kiểm tra 6655/16.609 điểm tiêm chủng (40%). Thời gian tới sẽ rà soát tất cả các điểm tiêm chủng trên cả nước, chỉ những điểm đủ tiêu chuẩn mới được tiêm chủng.

Bộ Y tế đang xây dựng Nghị định về tiêm chủng trình Thủ tướng Chính phủ trong quý IV năm 2013. Sau khi thực hiện các biện pháp để đảm bảo an tòan trong tiêm chủng, được sự đồng ý của Chính phủ, Bộ Y tế đã triển khai cho tiêm lại vắcxin Quinvaxem từ 1-10-2013.