Sau khi xem xét báo cáo của Ban thường vụ Thành ủy TP.HCM và tự kiểm điểm của ông Dũng, Ủy ban Kiểm tra trung ương nhận định: ông Dũng đã không hoàn thành nhiệm vụ là người đứng đầu cơ quan, không kiểm soát được việc thực hiện công tác quản lý vệ sinh an toàn thực phẩm; đồng thời để cấp phó lạm quyền cho gia hạn chậm công bố hàm lượng chất 3-MCPD trong nước tương, xì dầu, dầu hàu trái với quyết định số 11 (năm 2005) của Bộ Y tế, gây hậu quả xấu cho xã hội.

Liên quan đến việc xử lý các cá nhân sai phạm trong vụ chậm công bố nước tương có chứa chất 3-MCPD, Thanh tra TP.HCM đã có kết luận ông Lê Trường Giang - phó giám đốc Sở Y tế kiêm phó ban chỉ đạo liên ngành về chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm của TP- chưa thực hiện đầy đủ trách nhiệm khi thi hành công vụ, trong điều hành công việc có những chỉ đạo theo xu hướng có lợi cho các doanh nghiệp sản xuất nước tương và có hại cho sức khỏe người tiêu dùng.

Ông Nguyễn Đức An - nguyên chánh thanh tra Sở Y tế - có những hành vi thiếu trách nhiệm trong khi thi hành công vụ. Ông An đã phát hiện nhiều cơ sở sản xuất nước tương có hàm lượng 3-MCPD vượt mức quy định nhưng không giám sát chặt chẽ việc thu hồi, tiêu hủy và xử lý không triệt để. Riêng ông Nguyễn Thế Dũng - nguyên giám đốc Sở Y tế TP - chưa thực hiện đầy đủ trách nhiệm khi thực thi công vụ do công tác điều hành còn hạn chế, kiểm tra quản lý không chặt chẽ...

Thanh tra TP.HCM cũng kết luận hành vi của cả ba ông Đức An, Trường Giang, Thế Dũng đã gây tác hại xấu trong dư luận xã hội, ảnh hưởng đến sức khỏe của người tiêu dùng, uy tín của ngành y tế và vai trò tham mưu quản lý nhà nước về vệ sinh an toàn thực phẩm của TP.

Ông An đã bị xử lý cách chức chánh thanh tra Sở Y tế TP, còn ông Trường Giang bị kỷ luật khiển trách.