Một trong những vấn đề mà nhiều đại biểu đến tham dự hội nghị đưa ra đó là khó khăn và thiếu sự thống nhất trong việc xử lý các vụ án ủy quyền. Theo đó, ông Nguyễn Quang Thành, viện trưởng Viện KSND TP Hà Nội, cho biết Hà Nội đối với một số vụ án nhận ủy quyền từ cấp trên có sự thiếu thống nhất về quan điểm giữa các cơ quan tố tụng về tội danh, hành vi hoặc các tình tiết vụ án.

Thậm chí có những vụ án sau khi tiếp nhận hồ sơ thì giữa các cơ quan tố tụng đã xuất hiện mâu thuẫn. Ví dụ, có những bị can bị khởi tố nhiều tội danh nhưng bằng chứng để khẳng định các tội danh lại rất mỏng, thời gian thì không còn để trả hồ sơ điều tra, đẩy viện kiểm sát vào những tình thế rất khó khăn trước áp lực dư luận, áp lực thời gian và áp lực về mặt luật pháp.

Thậm chí, theo ông Lê Thẩm Dương - viện trưởng Viện phúc thẩm 3 Viện KSND tối cao tại TP.HCM, nhiều vụ án ủy quyền cấp sơ thẩm có thời gian tiếp nhận hồ sơ muộn, nên việc đưa ra một quyết định, một bản án vẫn còn nhiều sai sót. Ông Dương cũng nói việc xử lý những vụ án tham nhũng trong thời gian gần đây có áp lực rất lớn từ dư luận.

Ông Lê Minh Trí, phó trưởng Ban Nội chính trung ương, cho biết báo cáo giám sát về công tác xử lý án tham nhũng tại các địa phương cũng chứng tỏ việc bất đồng quan điểm của các cơ quan tiến hành tố tụng. Theo ông Trí, việc xử lý các vụ án tham nhũng được ủy quyền tại các địa phương hiện nay có tình trạng các cơ quan tố tụng đều giữ nguyên ý kiến của mình, khăng khăng bảo vệ quan điểm pháp luật của mình. Ông Nguyễn Hòa Bình, viện trưởng Viện KSND tối cao, cũng nói để tránh tình trạng có các quan điểm khác nhau và cập rập trong việc truy tố và xét xử thì các cơ quan tố tụng tại địa phương cần phải được tiếp cận sớm hồ sơ các vụ án được nhận ủy thác.

Tại hội nghị, ông Nguyễn Quang Thành - viện trưởng Viện KSND TP Hà Nội và ông Nguyễn Văn Quảng - viện trưởng Viện KSND TP Hải Phòng - đều cho rằng trong việc xử lý án tham nhũng, nhiều cơ quan chức năng không phối hợp tốt với cơ quan tố tụng. Ông Thành lấy ví dụ về việc hiện diện của các cơ quan chức năng tại tòa thường thiếu sự hợp tác hoặc các đơn vị này cử những người không đủ thẩm quyền để trả lời các câu hỏi của tòa.

Khẳng định lại điều này, ông Nguyễn Văn Quảng nói cơ chế giám định trong án tham nhũng có quá nhiều mâu thuẫn. Thậm chí, có những giám định viên khi ra trước tòa lại nói những điều ngược hoàn toàn với bản kết luận giám định, đó là chưa kể mỗi cơ quan giám định lại cho một kết quả khác nhau.