Quyết định nêu rõ, phân khu bảo vệ nghiêm ngặt của Vịnh Nha Trang là toàn bộ khu vực phía Đông, Đông Nam Hòn Tre, từ Đầm Bấy trở ra Hòn Mun, Hòn Nọc, Hòn Cau và Hòn Vung, bao gồm các khu phục hồi và bảo tồn rừng trên các đảo và các vùng nước xung quanh các đảo có giới hạn từ mép nước chân đảo (mức thủy triều thấp nhất) ra phía biển 300m.

Phân khu phục hồi sinh thái là các đảo và vùng nước xung quanh các đảo: Hòn Mun, Hòn Tằm, Hòn Một, Hòn Miễu và các phần còn lại của đảo Hòn Tre có giới hạn từ mép nước chân đảo ra phía biển 300m và vùng nước 300m bao quanh các phân khu bảo vệ nghiêm ngặt.

Phân khu phát triển là những phần còn lại của vịnh Nha Trang.

Quy chế mới quy định cụ thể điều kiện của các hoạt động kinh tế - xã hội trên vịnh Nha Trang như: hoạt động khai thác, nuôi trồng thủy sản, giao thông đường thủy, kinh doanh, tham quan du lịch, dịch vụ lặn, nhà hàng nổi…

Quy chế nghiêm cấm những hành vi: xả rác, thải các chất thải, đổ bùn đất, xả nước thải, dầu, nhớt, khí thải và các chất thải khác vượt quá quy định cho phép xuống vịnh Nha Trang; gây tác hại đến nguồn lợi, môi trường sống của các loài thủy sinh vật và ảnh hưởng đến việc bảo vệ, phát triển nguồn lợi thủy sản; xâm hại các hệ sinh thái: san hô, rừng ngập mặn, bãi triều, cỏ biển, hệ sinh thái đáy, hệ sinh thái rừng trên các đảo; xâm hại bãi rùa đẻ, khai thác rùa biển, trứng rùa biển và các loài thủy sản quý hiếm nằm trong Sách Đỏ Việt Nam trên vịnh Nha Trang; khai thác thủy sản bằng cách sử dụng chất nổ, xung điện, hóa chất, giã cào, đào xới đáy biển.

Bên cạnh đó, nghiêm cấm các hành vi săn bắn, khai thác các loài động vật, thực vật trên các đảo, núi, hang động; làm thay đổi môi trường cảnh quan như chặt cây, khai thác đá, cát và các loại khoáng sản, vật liệu xây dựng khác, lấn chiếm đất đai trái phép và các hành vi khác gây ảnh hưởng đến danh lam thắng cảnh; xây dựng khách sạn, nhà kiên cố cao tầng, tô, vẽ, xây đắp tượng đài, miếu mạo, nơi thờ cúng và chôn cất trên các đảo Hòn Mun, Hòn Nọc, Hòn Vung và Hòn Cau; xây dựng đền, miếu, mộ chí và viết, vẽ, sơn, điêu khắc tại các đảo còn lại khi chưa được các cơ quan có thẩm quyền cho phép.

Nghiêm cấm tuyên truyền, giới thiệu sai lệch các giá trị vịnh Nha Trang; các hoạt động xâm phạm an ninh quốc gia và trật tự an toàn xã hội, phát tán tài liệu phản động, truyền đạo trái phép, mê tín dị đoan, tệ nạn xã hội khác và các hoạt động khác xâm hại môi trường, giá trị vịnh Nha Trang.