Bước đầu cơ quan công an đã xác định số tiền ghi trên hóa đơn lên đến nhiều nghìn tỉ đồng. Cơ quan an ninh điều tra Bộ Công an đã khởi tố vụ án “mua bán trái phép hóa đơn thu nộp ngân sách nhà nước” xảy ra tại Đồng Nai và một số địa phương khác, đồng thời khởi tố chín bị can, bắt tạm giam bảy bị can về hành vi trên. Bị can cầm đầu đường dây được xác định là Trần Quốc Mỹ (36 tuổi, trú tại xã Xuân Mỹ, huyện Cẩm Mỹ, tỉnh Đồng Nai).

Thông tin ban đầu cho biết vào năm 2006, Trần Quốc Mỹ thành lập doanh nghiệp tư nhân Lâm Thiên Hải với mục đích kinh doanh các mặt hàng nông sản. Sau đó đến năm 2012, Trần Quốc Mỹ lập tiếp Công ty TNHH một thành viên Hoàng Mỹ để kinh doanh. Tuy nhiên trên thực tế, các doanh nghiệp này đều không hoạt động kinh doanh mà chỉ thực hiện việc mua bán hóa đơn GTGT khống từ các công ty khác, sau đó lập hồ sơ để bán hóa đơn hàng hóa khống cho các công ty khác có chức năng xuất khẩu nông sản ra nước ngoài.

Để thực hiện trót lọt việc mua bán hóa đơn, Trần Quốc Mỹ đã chỉ đạo Nguyễn Hòa Long, Phạm Đức Thịnh (đều trú tại Đồng Nai) thành lập chín doanh nghiệp tư nhân tại tỉnh Gia Lai nhằm mua bán hàng hóa nông sản khống, chiếm đoạt tiền thuế GTGT qua hóa đơn đầu vào với số lượng lớn.