Trong đó, các bị can Lê Văn Bằng (nguyên giám đốc Công ty Thực phẩm miền Bắc), Trần Thị Thanh Hà (nguyên kế toán trưởng) và Lê Thị Thúy Lâm (nguyên trưởng bộ phận kế toán, trung tâm xuất nhập khẩu cà phê thuộc Công ty Thực phẩm miền Bắc) bị truy tố về tội “cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”. Các bị can Lê Văn Dực (giám đốc chi nhánh Công ty TNHH An Phúc tại Hà Nội), Nguyễn Khắc Tùng (giám đốc doanh nghiệp tư nhân Tùng Dương, TP Kon Tum) bị truy tố về tội “lừa đảo chiếm đoạt tài sản”. Viện KSND tối cao cáo buộc các bị can đã lừa đảo và gây thất thoát gần 36 tỉ đồng của Công ty Thực phẩm miền Bắc.

Trong vụ án này, cơ quan điều tra đã khởi tố bị can đối với Hồ Minh Hậu, nguyên giám đốc Công ty TNHH An Phúc, nhưng bị can này đã bỏ trốn. Do đó, cơ quan điều tra đã tạm đình chỉ điều tra và ra lệnh truy nã đối với bị can này.

Theo cáo trạng của Viện KSND tối cao, trong thời gian từ năm 2007-2009, ông Lê Văn Bằng đã trực tiếp ký khống và chỉ đạo cấp dưới là phó giám đốc Nguyễn Thị Minh Nguyệt, kế toán trưởng Trần Thị Thanh Hà và Lê Thị Thúy Lâm thực hiện việc ký khống các hợp đồng mua bán để chuyển tiền thanh toán các hợp đồng này cho doanh nghiệp tư nhân Tùng Dương và Công ty cổ phần xuất nhập khẩu nông thổ sản An Bình. Theo đó, Công ty Thực phẩm miền Bắc ký hàng loạt hợp đồng mua hàng nghìn tấn ngô hạt, cà phê, khoai mì lát của hai doanh nghiệp Tùng Dương, An Bình. Sau khi ký hợp đồng, ông Lê Văn Bằng biết hai doanh nghiệp Tùng Dương và An Bình không có cà phê, không có ngô hạt, không có mì lát để giao cho Công ty Thực phẩm miền Bắc theo hợp đồng đã ký nhưng vẫn chỉ đạo các bộ phận nghiệp vụ, bộ phận kế toán tiếp tục ký khống các hợp đồng và chuyển tiền thanh toán cho hai doanh nghiệp này. Theo đó, số tiền thanh toán cho doanh nghiệp tư nhân Tùng Dương được chuyển cho Lê Văn Dực là em trai ông Bằng, số tiền thanh toán cho Công ty An Bình được chuyển cho Công ty Minh Chí (là doanh nghiệp do Lê Văn Dực và Hồ Minh Hậu điều hành). Tổng số tiền thiệt hại của Công ty Thực phẩm miền Bắc là gần 36 tỉ đồng, trong đó bị can Lê Văn Dực chiếm đoạt gần 18,5 tỉ đồng, Nguyễn Khắc Tùng chiếm đoạt 620 triệu đồng.