Về quản lý giống cây trồng mới nhập khẩu, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định, sẽ thực hiện kiểm tra Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa đối với lô giống cây trồng mới nhập khẩu theo thông báo của cơ quan kiểm dịch thực vật tại cửa khẩu.

Đồng thời tiến hành điều tra và giám sát sinh vật gây hại trên giống cây trồng mới tại địa điểm gieo trồng theo thông báo của cơ quan kiểm dịch thực vật cửa khẩu hoặc khai báo của chủ vật thể tại địa phương. Khi phát hiện thấy đối tượng kiểm dịch thực vật hoặc đối tượng phải kiểm soát của Việt Nam hoặc sinh vật gây hại lạ, Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật ở địa phương phải áp dụng các biện pháp xử lý triệt để và báo cáo ngay về Chi cục Kiểm dịch thực vật vùng.

Thời gian theo dõi đối với giống cây trồng mới ngắn ngày nhập khẩu là một vụ sản xuất, đối với cây lâu năm là một năm.

Đối với quản lý sinh vật có ích nhập nội, sẽ kiểm tra Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu quá cảnh và vận chuyển nội địa do cơ quan kiểm dịch thực vật có thẩm quyền cấp. Theo dõi và giám sát địa điểm, phạm vi sử dụng sinh vật có ích nhập nội tại địa phương. 

Về quản lý ổ dịch và vùng dịch, Thông tư nêu rõ, khi xuất hiện các ổ dịch đối tượng kiểm dịch thực vật tại địa phương thì Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật phải áp dụng các biện pháp xử lý triệt để nhằm hạn chế khả năng lây lan của đối tượng kiểm dịch thực vật, nhanh chóng báo cáo Chi cục Kiểm dịch thực vật vùng, đồng thời hướng dẫn, giám sát chủ vật thể thực hiện các biện pháp xử lý theo quy định. Định kỳ kiểm tra theo dõi các ổ dịch đã được xử lý.

Đối với vùng dịch, Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật tỉnh phải nhanh chóng xác định ranh giới vùng dịch, báo cáo cơ quan có thẩm quyền công bố dịch; thiết lập các chốt kiểm dịch, quy định địa điểm kiểm dịch thực vật, thực hiện các thủ tục kiểm dịch thực vật được vận chuyển ra từ vùng dịch và thông báo cho Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật ở các tỉnh lân cận biết.

Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 30-11-2015.