Bộ Tài chính đã có Công văn số 12199/BTC-CST gửi Cục Thuế, Cục Hải quan tỉnh Quảng Trị, Ban Quản lý Khu Kinh tế-Thương mại đặc biệt Lao Bảo hướng dẫn cụ thể đối với các dự án đầu tư thực hiện trước ngày 1-9-2016, được cấp giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận đầu tư hoặc các giấy tờ có giá trị pháp lý tương đương do cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cấp trước ngày 1-7-2015, đối với dự án đầu tư trong nước có quy mô vốn đầu tư dưới 15 tỷ đồng thực hiện trước ngày 1-7-2015, dự án được cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc văn bản quyết định chủ trương đầu tư, dự án đầu tư không phải thực hiện thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư theo quy định tại Khoản 2 Điều 36 Luật Đầu tư số 67/2014/QH13) tại Khu Kinh tế thương mại đặc biệt Lao Bảo, thì được tiếp tục thực hiện ưu đãi về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu theo Quyết định số 72/QĐ-TTg cho thời gian còn lại của dự án.

Khu kinh tế thương mại đặc biệt Lao Bảo có nguy cơ bị xóa sổ do Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu năm 2016 đã được Quốc hội thông qua có hiệu lực từ ngày 1-9-2016. Theo đó, Luật thuế này không nhắc đến khu kinh tế nói trên, trong khi đó quy định với khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu là phải có hàng rào cứng (Khu Kinh tế-Thương mại đặc biệt Lao Bảo không có hàng rào cứng).

Vì cách hiểu này nên chính quyền tỉnh Quảng Trị, cũng như các doanh nghiệp đang hoạt động ở khu kinh tế trên lo ngại sẽ không được tiếp tục hưởng các chính sách ưu đãi về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.