Về án tham nhũng, UBND TP.HCM cho biết do các đối tượng có chức vụ quyền hạn, trình độ, có mối quan hệ rộng rãi trong xã hội gây ra với thủ đoạn tinh vi che giấu hành vi phạm tội, thời gian phạm tội xảy ra đã lâu mới bị phát hiện nên gặp khó khăn trong công tác thu thập tài liệu chứng cứ. Khi tiến hành điều tra thu thập tài liệu chứng cứ thì đối tượng tìm quan hệ móc nối với cán bộ kéo dài thời gian để hợp thức hóa hoặc tiêu hủy tài liệu chứng cứ để đối phó với cơ quan chức năng. Ngoài ra, việc thực hiện chỉ thị số 15/TW về sự lãnh đạo của Đảng trong công tác điều tra xử lý các vụ án có liên quan đến đảng viên phải báo cáo nhiều cấp và chờ ý kiến nên làm chậm tiến độ, lỡ mất cơ hội và có thể bị đối phó gây khó khăn hạn chế kết quả điều tra đối với án tham nhũng.

Bên cạnh đó, việc xác định trách nhiệm người có liên quan hoặc trách nhiệm liên đới của người đứng đầu theo quy định của chỉ thị số 48-CT/TW trong công tác phòng, chống tội phạm chưa được triển khai thực hiện đồng bộ do chưa có hướng dẫn cụ thể và chưa có cơ chế trao đổi thông tin giữa các cấp ủy đảng của các cơ quan tư pháp và tổ chức, cơ sở đảng đang quản lý đảng viên. Đồng thời chưa có hướng dẫn thống nhất tiêu chí đánh giá tình hình tội phạm hằng năm ở địa bàn, lĩnh vực để làm cơ sở cho việc xử lý trách nhiệm đối với người đứng đầu cấp ủy đảng và chính quyền các cấp.