Mục tiêu của dự án là bảo tồn bền vững những quần thể voi hoang dã hiện có tại Việt Nam kết hợp việc khôi phục và bảo vệ các nguồn gen động vật, thực vật nguy cấp quý hiếm và đa dạng sinh học trong vùng sinh cảnh của voi. Tăng cường tương tác thực thi pháp luật, kiểm soát hoạt động buôn bán, vận chuyển trái phép ngà và bộ phận dẫn xuất của voi, góp phần bảo tồn các quần thể voi trong nước và trên thế giới.

Dự án cũng hướng tới việc xây dựng kho lưu trữ, bảo quản mẫu vật, nâng cao năng lực quản lý, giám sát bảo tồn voi, động vật hoang dã cho các cán bộ tại các khu rừng đặc dụng có voi sinh sống tại tất cả các khu rừng đặc dụng (ngoài các tỉnh Nghệ An, Đắk Lắk và Đồng Nai đã có dự án bảo tồn voi riêng), xây dựng hệ thống cơ sở dữ liệu trong cả nước, cập nhật tình hình sinh sản các đàn voi nhỏ lẻ...

Bộ cũng sẽ quy hoạch vùng sinh cảnh sống và hành lang di chuyển cho voi, hạn chế xung đột giữa voi và người. Lập kế hoạch di chuyển các các cá thể voi đơn lẻ và các đàn voi chỉ toàn voi cái, thiếu sinh cảnh sinh sống về các khu bảo tồn voi cấp quốc gia phục vụ sinh sản.

Ngoài ra, Bộ NN&PTNT đề nghị cần điều tra về tội phạm săn bắn và vận chuyển trái phép động vật hoang dã nguy cấp, quý hiếm...