Theo số liệu do Bộ GD-ĐT cung cấp, chương trình phát triển giáo dục trung học đã góp phần đổi mới về chất lượng tập huấn, bồi dưỡng cán bộ quản lý, giáo viên, trong đó tập trung vào việc tập huấn đổi mới phương pháp dạy học, áp dụng các phương pháp dạy học, ứng dụng thiết bị dạy học hiện đại, đổi mới đánh giá học sinh, đổi mới sinh hoạt tổ, nhóm chuyên môn, tăng cường năng lực ngoại ngữ, tin học...

Trong thời gian qua, chương trình trên cũng hỗ trợ tổ chức thực hiện 3 đợt đánh giá quốc gia (NAM) về kết quả học tập của học sinh lớp 9 với các môn toán, ngữ văn, tiếng Anh, sinh học và học sinh lớp 11 với các môn toán, ngữ văn, tiếng Anh; hỗ trợ tập huấn để năm 2012 VN chính thức tham gia chương trình đánh giá học sinh trung học quốc tế (PISA) với kết quả khả quan, tiếp tục tham gia đánh giá PISA lần 2 vào năm 2015.

Để tiệm cận với định hướng đổi mới chương trình - SGK phổ thông đang được Bộ GD-ĐT thực hiện, chương trình phát triển giáo dục trung học đã hỗ trợ triển khai thí điểm và mở rộng thực hiện nhiều nội dung đổi mới như dạy học theo hướng tích hợp liên môn, vận dụng kiến thức vào giải quyết các vấn đề thực tiễn cuộc sống, thực hiện mô hình trường học mới ở bậc trung học...

Chương trình cũng tham gia vào phát triển chất lượng đào tạo mũi nhọn với việc tập huấn nâng cao năng lực nghiên cứu khoa học cho giáo viên, học sinh các trường THPT chuyên trên cả nước, tập huấn bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ với các môn học theo đặc thù, mục tiêu của hệ thống trường THPT chuyên.