Sở cũng đồng thời nghiên cứu chuẩn bị đầu tư các cầu vượt trên đường Thanh Xuân (cổng Trường ĐH Tổng hợp cũ ); Trần Đăng Ninh (trước khu đô thị làng quốc tế Thăng Long); Giảng Võ (trước triển lãm Giảng Võ), Giải Phóng (trước bến xe Phía Nam) và Lương Yên (trước bến xe Lương Yên). Sở cũng đưa vào sử dụng các hầm bộ hành tại nút giao thông Kim Liên và đường vành đai 3, đồng thời duy trì hiệu quả các cầu đi bộ trên đường Lê Thanh Nghị - Giải Phóng, Nguyễn Văn Cừ, Nguyễn Chí Thanh, cổng Trường ĐH GTVT và hầm đi bộ Ngã Tư Sở.

Cùng với việc đưa vào sử dụng các cầu, hầm đường bộ, sở đang triển khai nhiều biện pháp tổ chức, điều hành giao thông. Cụ thể, trong tháng 9-2008, TP thực hiện phân làn phương tiện trên đường Giải Phóng (đoạn từ Đại Cồ Việt - Pháp Vân) và tiếp tục phân làn trên các tuyến Liễu Giai - Trần Duy Hưng, Giảng Võ - Láng Hạ, Bà Triệu, phố Huế - Hàng Bài, Phạm Văn Đồng trong năm 2009.

Ngoài ra, sở tiến hành xén dải phân cách, mở rộng mặt đường một số tuyến phố có dải phân cách rộng; lắp đặt bổ sung đèn tín hiệu, hệ thống camera, đồng hồ đếm ngược tại các điểm hay ùn tắc giao thông; điều chỉnh thường xuyên chu kỳ đèn tín hiệu giao thông cho phù hợp với tình hình giao thông tại các nút và hoàn thiện, nâng cao năng lực của Trung tâm điều khiển giao thông.