Trao đổi với Tuổi Trẻ, nhiều DN xuất khẩu cho biết dù đã được chuyển sang diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau theo quy định tại công văn 5492 của Bộ Tài chính (ban hành cuối tháng 4-2016) nhưng cơ quan thuế vẫn áp dụng quy định cũ để yêu cầu DN giải trình trước khi được hoàn thuế GTGT.

Một DN xuất khẩu tại TP.HCM cho biết trong công văn được gửi đến DN này, Cục Thuế TP.HCM viện dẫn các công văn mà Bộ Tài chính đã ban hành trước đó để yêu cầu DN giải trình hàng loạt vấn đề như: mặt hàng sản xuất, nước xuất khẩu, phương tiện vận chuyển, cảng xuất hàng, có xuất khẩu qua biên giới đất liền hay không.

Ngoài ra, DN phải giải trình vì sao doanh số lớn gấp nhiều lần số vốn chủ sở hữu, vì sao tra cứu hệ thống dữ liệu của Cục Thuế không thấy thông tin về cơ sở vật chất như kho hàng, nhà xưởng...? DN cũng phải cung cấp số liệu nhập - xuất tồn kho của kỳ hoàn thuế, giải trình quan hệ có cùng sở hữu, quan hệ liên kết của bên mua và bên bán.

Đặc biệt, trường hợp DN có hàng hóa, dịch vụ mua vào có hợp đồng và hóa đơn lập và ký sau ngày hàng hóa có xác nhận thực xuất của cơ quan hải quan thì dừng khấu trừ, hoàn thuế GTGT. Theo yêu cầu của cơ quan thuế, trong vòng 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông báo, DN phải nộp văn bản giải trình cho cơ quan thuế hoặc đến cơ quan thuế làm việc.

Trao đổi với Tuổi Trẻ, nhiều DN cho rằng những đòi hỏi trên khá bất hợp lý vì phần lớn những DN thương mại thường không có kho hàng, hàng mua xong gửi tại nhà máy, khi có khách hàng mua thì vận chuyển hàng ra cảng để xuất khẩu.

Trong hợp đồng mua bán cũng ghi rõ hàng hóa gửi tại kho của nhà máy. Nếu muốn, cơ quan thuế có thể kiểm tra chứng từ thay vì đòi hỏi như vậy. Cũng theo các DN, việc có vốn lưu động lớn hơn vốn đăng ký cũng không có gì là khó hiểu vì ngoài vốn tự có, DN còn thế chấp tài sản để vay vốn ngân hàng, chưa kể khi DN có hợp đồng xuất khẩu ngân hàng còn cho vay dựa trên bộ chứng từ…

“Ngay trước buổi gặp gỡ của Thủ tướng với DN, Bộ Tài chính đã ban hành công văn 5492 về phân loại kiểm tra hồ sơ hoàn thuế GTGT, trong đó quy định việc hoàn thuế sẽ thực hiện theo đúng luật, tại sao cơ quan thuế lại vẫn áp dụng những văn bản đã được ban hành từ năm 2015 để “ách” tiền hoàn thuế? Phải chăng cơ quan thuế cố tình hiểu sai tinh thần công văn chỉ đạo của Bộ Tài chính?” - một DN xuất khẩu bức xúc.