Theo Bộ GTVT, để tránh tình trạng trên, Nhà nước cần phải có chính sách khuyến khích hỗ trợ phát triển đội tàu trong nước, phát triển đội tàu container, tàu có trọng tải lớn chạy tuyến quốc tế, tuyến xa để chiếm lĩnh thị phần vận tải, giảm phụ thuộc vận chuyển hàng hóa vào các hãng tàu nước ngoài. Nghiên cứu nâng cấp cơ sở hạ tầng cảng biển, hạ tầng giao thông kết nối với cảng, tránh tình trạng các hãng tàu lợi dụng sự yếu kém về cơ sở hạ tầng để thu thêm một số loại phí.

Bộ GTVT cũng kiến nghị Thủ tướng giao Tổng công ty Hàng hải VN chủ trì phối hợp các đơn vị liên quan khẩn trương xây dựng đề án phát triển nguồn nhân lực, đội tàu container trình Thủ tướng xem xét. Giao Phòng Thương mại và công nghiệp VN, hiệp hội chủ hàng chủ trì phối hợp các đơn vị liên quan tiến hành hiệp thương giá với các chủ tàu để tiến tới một thị trường giá cước và các loại phí vận tải đường biển minh bạch. Giao Bộ Tài chính chủ trì xây dựng cơ chế chính sách để điều chỉnh, bổ sung quy định pháp luật về giá, phí, xây dựng thêm các văn bản để quản lý được thị trường phí và phụ phí. Giao Bộ Công thương xem xét đánh giá các vấn đề cạnh tranh đối với hành vi thu phụ phí của các hãng tàu nước ngoài đối với hoạt động vận tải hàng hóa xuất nhập khẩu vào VN.

Trước đó, đoàn công tác liên ngành do Bộ GTVT chủ trì đã kiểm tra về tình hình thu phí và phụ phí trong vận tải container bằng tàu biển tại Hải Phòng và TP.HCM theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.