Từ khoảng 10 năm trở lại đây, dòng chảy hệ thống sông Hồng đều ở mức thấp, không bảo đảm cho các công trình thủy lợi lấy nước. Để bảo đảm nguồn nước phục vụ gieo cấy lúa đông xuân cho khoảng 630.000 ha gieo trồng thuộc 12 tỉnh, thành phố khu vực trung du và Đồng bằng Bắc bộ (trong đó Hà Nội có 370.000 ha), hàng năm Bộ NN&PTNT phối hợp với Tập đoàn Điện lực Việt Nam và các địa phương thống nhất kế hoạch điều tiết, bổ sung nước từ các hồ chứa thủy điện cho hạ du hệ thống sông Hồng.

Tuy nhiên những năm gần đây, mực nước trên sông Hồng liên tục đạt mức thấp, thấp nhất là +2,20 m khiến hoạt động lấy nước cho sản xuất rất khó khăn. Đặc biệt, mực nước sông Hồng hạ thấp khiến cho một số trạm bơm ở khu vực Hà Nội như các xã Thanh Điềm, Liên Mạc, Đan Hoài… không có nước để vận hành máy bơm phục vụ sản xuất nông nghiệp. 

Năm 2017, Hà Nội phải huy động tối đa các nhà máy điện vận hành ngày đêm mới cơ bản duy trì được mực nước +2,20 m, song một số nơi vẫn còn khó khăn. Điển hình như Trạm bơm Phù Sa do thiết kế trước đây có cao trình 5,2 m trong khi mực nước sông Hồng chỉ đạt 4,8 m nên không phát huy được hiệu quả. 

Theo các chuyên gia, có hai nguyên nhân dẫn đến việc mực nước sông Hồng bị hạ thấp, đó là sự xói lở lòng sông do ảnh hưởng từ các hồ chứa lớn ở Hòa Bình, Thác Bà và Tuyên Quang và tình trạng khai thác cát.

Theo ước tính, các hồ chứa hiện có tổng dung tích hơn 30 tỷ m3 nước. Hàng năm, việc xả nước cho riêng vụ đông xuân (3 đợt) trong vòng 20 ngày với 5 tỷ m3 nước nên ảnh hưởng không nhỏ đến xói lở lòng sông Hồng. Bên cạnh đó, việc khai thác cát (khoảng 33 triệu m3/năm) cũng khiến cho lòng sông Hồng bị hạ thấp, mực nước ngày càng xuống thấp.

Theo GS.TS Hà Văn Khối, nguyên giảng viên Trường Đại học Thủy lợi, giải pháp quan trọng nhất là việc quản lý vận hành của các hồ chứa thượng nguồn để giảm thiểu mức độ xói lở lòng sông Hồng.

Cùng quan điểm này, PGS.TS Đào Trọng Tứ cho biết, vấn đề lớn nhất của thủy lợi Việt Nam, đặc biệt sông Hồng là sự biến đổi lòng dẫn nước trên các sông. Các công trình thủy lợi, hệ thống trạm bơm, hệ thống đập trên địa bàn Hà Nội thiếu đồng bộ không còn phù hợp với hiện trạng mực nước trên sông Hồng, do đó cần phải khẩn trương xây dựng mới hoặc cải tạo các trạm bơm dã chiến để hoạt động có hiệu quả trong công tác cấp nước cho sản xuất nông nghiệp.

Tiếp tục nạo vét những nơi có lòng sông bồi lắng cản trở dòng chảy, đồng thời tái tạo cát nạo vét đưa vào những vùng bị xói lở lòng sông, nâng đáy, dâng nước. Phân vùng nghiên cứu các công trình điều tiết dòng chảy và tính toán thủy lực hệ thống các công trình điều tiết nước vùng hạ du sông Hồng thật chính xác để có các giải pháp phục vụ phát triển bền vững, chủ động nguồn nước sản xuất và sinh hoạt.

Hiện nay Bộ NN&PTNT đã có đề tài khoa học cấp Nhà nước “Nghiên cứu giải pháp tổng thể công trình đập dâng nước nhằm ứng phó tình trạng hạ thấp mực nước, bảo đảm an ninh nguồn nước cho hạ du sông Hồng” nhằm đưa ra giải pháp cụ thể trong việc giảm thiểu ảnh hưởng của hạ thấp mực nước sông Hồng.