Theo đó, đối với tàu biển, người làm thủ tục khai báo các thông tin theo các mẫu tờ khai quy định trên Cổng thông tin một cửa quốc gia theo địa chỉ truy cập https://vnsw.gov.vn.

Đối với phương tiện thủy nội địa, người làm thủ tục khai báo và gửi yêu cầu làm thủ tục cho phương tiện thủy nội địa bằng 1 trong 2 hình thức sau: a- Người làm thủ tục khai báo các thông tin theo các mẫu tờ khai quy định trên Cổng thông tin điện tử Bộ Giao thông vận tải theo địa chỉ truy cập https://dichvucong.mt.gov.vn; b- Người làm thủ tục soạn tin nhắn theo mẫu quy định và gửi tới Tổng đài làm thủ tục cho phương tiện thủy nội địa vào, rời cảng biển. Người làm thủ tục có trách nhiệm đăng ký số điện thoại dùng để gửi tin nhắn làm thủ tục tại Cảng vụ hàng hải.

Cảng vụ hàng hải thực hiện kiểm tra các thông tin khai báo, tra cứu dữ liệu của tàu thuyền, thuyền viên trên cơ sở dữ liệu điện tử của các cơ quan có thẩm quyền làm cơ sở giải quyết thủ tục điện tử cho tàu thuyền vào, rời cảng biển. Cảng vụ hàng hải chỉ được yêu cầu người làm thủ tục nộp, xuất trình các giấy tờ trong trường hợp cơ sở dữ liệu không có dữ liệu của tàu thuyền, thuyền viên đã được người làm thủ tục khai báo.

Người làm thủ tục có trách nhiệm hoàn thành thanh toán phí và lệ phí vào, rời cảng biển ngay sau khi nhận được thông báo phí, lệ phí bằng một trong các hình thức sau: 1- Thanh toán trực tuyến tại Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng thông tin điện tử Bộ Giao thông vận tải; 2- Thanh toán chuyển khoản vào tài khoản của Cảng vụ hàng hải; 3- Thanh toán bằng tiền mặt.

Khi tàu biển, phương tiện thủy nội địa vào, rời một khu vực hàng hải thuộc vùng nước cảng biển thì chỉ phải làm thủ tục vào, rời một lần. Tàu biển, phương tiện thủy nội địa không phải làm thủ tục khi di chuyển giữa các cảng, bến thủy nội địa, bến cảng biển, cầu cảng biển trong một khu vực hàng hải. Thủ tục vào, rời thực hiện tại cảng, bến đầu tiên và cảng, bến cuối cùng mà tàu biển, phương tiện thủy nội địa vào, rời.

Ngoài ra, Thông tư cũng quy định cụ thể thủ tục điện tử cho tàu thuyền hoạt động tuyến nội địa vào, rời cảng biển như: thủ tục đối với tàu biển Việt Nam hoạt động tuyến nội địa vào cảng biển, thủ tục đối với phương tiện thủy nội địa vào cảng biển…

Thông tư này có hiệu lực từ ngày 1-1-2016. Thủ tục đối với phương tiện thủy nội địa được áp dụng từ ngày 1-3-2016.